44 artículos, preprints y otros trabajos, cada uno con un párrafo que resume el resultado principal.
2025
Aragão D, Savko M, Oram D, Smith K, Shepard W, Flaig R
Struct Dyn (ACA 2025 meeting abstract) (2025) · Otros
Resumen de congreso sobre el sistema automático de centrado de muestras desarrollado como prototipo en I04: el modelo de aprendizaje automático murko de SOLEIL para encontrar el loop y el cristal, Ophyd y Bluesky para controlar la línea, y Kubernetes y Docker para poder desplegarlo en otras instalaciones.
Mi parte: dirigí el proyecto y su financiación de UKRI/BBSRC, y lo presenté en el congreso de la ACA en Chicago.
Flaig R, Romano P, Aragão D
J Phys Conf Ser (2025) · Métodos / instrumentación · citado una vez
Cómo la toma de datos consciente de la dosis en I04 ayuda a los usuarios a elegir parámetros de exposición que equilibren la señal frente al daño por radiación, algo que importa especialmente en una línea donde el tamaño del haz se cambia de forma rutinaria, hasta el microfoco.
Flaig R, Romano P, Aragão D
Struct Dyn (2025) · Otros
Resumen de congreso que describe la óptica de foco variable de I04 (desde un microfoco de 8 × 5 μm hasta 110 × 100 μm), la mejora de la fuente de 2022 que aumentó el flujo en todo el rango de 6 a 18 keV, y los modos de toma de datos consciente de la dosis y desatendida que se ofrecen ahora a los usuarios.
2022
Munasinghe TS, Edwards MR, Tsimbalyuk S, Vogel OA, Smith KM, …, Aragão D, …, Forwood JK
Nat Commun (2022) · PubMed · citado 29 veces
La ORF4b del MERS-CoV se une a la importina α mediante un mecanismo poco habitual al que le falta la lisina usual en el sitio P2, y se solapa con el sitio de unión de NF-κB p50, una explicación estructural de cómo el virus bloquea la inmunidad innata.
7RFX7RFY7RFZ7RG07RG17RG27RG37RG47RG57RG6
Teakel S, Marama M, Aragão D, Tsimbalyuk S, Mackie ERR, Soares da Costa TP, Forwood JK, Cahill MA
FEBS Lett (2022) · PubMed · citado 2 veces
Un dominio de citocromo b5M de arquea muestra la misma orientación poco habitual del hemo que una estructura anterior de cytb5M, lo que apoya la idea de que la familia de proteínas MAPR de los mamíferos la heredó de un antepasado procariota.
6NZX6VZ6
2021
Cross EM, Adams FG, Waters JK, Aragão D, Eijkelkamp BA, Forwood JK
Sci Rep (2021) · PubMed · citado 25 veces
Comparar los homólogos anotados de FabG en Acinetobacter baumannii identificó una 3-oxoacil-ACP reductasa de bajo peso molecular como la FabG verdadera más probable de su ruta de síntesis de ácidos grasos, una posible diana para antibióticos.
6NRP
Tamarit D, Teakel S, Marama M, Aragão D, Gerdes SY, Forwood JK, Ettema TJG, Cahill MA
bioRxiv (preprint) (2021) · Otros · citado 7 veces
La familia de proteínas MAPR, que incluye la proteína humana asociada al receptor de progesterona PGRMC1, resulta estar emparentada con una clase de citocromos b5 bacterianos recién reconocida. La primera estructura de esta clase (6NZX) comparte el plegamiento de tipo MAPR y la orientación del hemo, lo que apoya un origen bacteriano para la familia.
6NZX
Jagga B, Edwards M, Pagin M, Wagstaff KM, Aragão D, …, Forwood JK
Nat Commun (2021) · PubMed · citado 40 veces
Las dos señales de localización nuclear distantes de SOX2 forman una única interfaz continua que abarca nueve de las diez repeticiones ARM de la importina α3. Esto explica la preferencia de SOX2 por la importina α3 y su importancia para las células madre neurales y el desarrollo de la mosca.
6WX76WX86WX9
2019
Maghool S, Cooray NDG, Stroud DA, Aragão D, Ryan MT, Maher MJ
Life Sci Alliance (2019) · PubMed · citado 25 veces
Las estructuras del factor de ensamblaje del complejo IV humano Coa6 y de su mutante patógeno W59C muestran un haz de hélices sujeto por puentes disulfuro con un probable sitio de cobre, y explican la pérdida de función del mutante por una oligomerización a través de puentes disulfuro.
Cross EM, Aragão D, Smith KM, Shaw KI, Nanson JD, Raidal SR, Forwood JK
Biochem Biophys Res Commun (2019) · PubMed · citado 8 veces
Una supuesta enzima FabG de Acinetobacter baumannii multirresistente tiene un plegamiento de tipo FabG (2,0 Å) pero es inactiva frente al sustrato de FabG, así que no es la enzima de la síntesis de ácidos grasos que indicaba su anotación.
6PZM6PZN
Petri J, Nakatani Y, Montgomery MG, Ferguson SA, Aragão D, …, Cook GM
Open Biol (2019) · PubMed · citado 6 veces
La F1-ATPasa del patógeno anaerobio Fusobacterium nucleatum está parcialmente inhibida en la hidrólisis de ATP, y su estructura sugiere que, como en las mitocondrias, la actividad se regula según la concentración de ADP.
6Q45
Sikanyika M, Aragão D, McDevitt CA, Maher MJ
Acta Crystallogr F Struct Biol Commun (2019) · PubMed · citado 14 veces
Estructura y cinética de la glutatión reductasa de Streptococcus pneumoniae (2,56 Å). Su interfaz dimérica permitió agrupar estas enzimas en tres clases, y la enzima tiene una Km inusualmente alta para el glutatión oxidado.
2018
Aragão D, Aishima J, Cherukuvada H, Clarken R, Clift M, …, Caradoc-Davies TT
J Synchrotron Radiat (2018) · Métodos / instrumentación · PubMed · citado 554 veces
MX2, la línea de microfoco de ondulador y alto flujo del Australian Synchrotron: su diseño, la manipulación robótica de muestras, su estado actual, los planes de futuro y la ciencia reciente.
Mi parte: escribí el artículo y participé en la mayoría de las mejoras que describe.
Smith KM, Tsimbalyuk S, Edwards MR, Cross EM, Batra J, …, Aragão D, …, Forwood JK
Nat Commun (2018) · PubMed · citado 75 veces
Las proteínas W de los virus Hendra y Nipah se unen a la importina α3 mediante una interfaz mayor y con una afinidad más de 50 veces superior que a la importina α1. Las importinas quiméricas muestran que la diferencia está en la posición de las repeticiones armadillo 7 y 8.
Mi parte: toma de datos, y codirigir a los doctorandos en la toma de datos, la determinación de la estructura, el refinamiento y el análisis.
En los medios: Charles Sturt University.
6BVT6BVV6BVZ6BW06BW16BW96BWA6BWB
Petri J, Shimaki Y, Jiao W, Bridges HR, Russell ER, …, Aragão D, …, Nakatani Y
Biochim Biophys Acta Bioenerg (2018) · PubMed · citado 48 veces
La NDH-2 unida al inhibidor quinolónico HQNO muestra cómo se colocan los inhibidores en el túnel de unión de la quinona, una base para diseñar fármacos contra patógenos como Mycobacterium tuberculosis y Plasmodium falciparum.
6BDO
2017
Nakatani Y, Jiao W, Aragão D, Shimaki Y, Petri J, Parker EJ, Cook GM
Acta Crystallogr F Struct Biol Commun (2017) · PubMed · citado 15 veces
Una nueva plataforma de cristalización dio una estructura a 2,15 Å de la NADH:quinona oxidorreductasa de tipo II (NDH-2) bacteriana, una diana farmacológica, que después se usó para modelar cómo se unen los sustratos de quinona.
Mi parte: ayuda para superar los problemas de cristalización, y después toma y procesamiento de datos, resolución de la estructura, refinamiento y análisis.
5WED
Swarbrick CM, Bythrow GV, Aragão D, Germain GA, Quadri LE, Forwood JK
Biochemistry (2017) · PubMed · citado 7 veces
Las micobacterias tienen una clase inactiva de tioesterasa TesB. La enzima de Mycobacterium avium tiene una alanina donde debería estar el aspartato catalítico, y al recuperar el aspartato se recupera la actividad, un cambio conservado en todas las micobacterias pero que no se ve en otros organismos.
Mi parte: toma y procesamiento de datos, resolución de la estructura, refinamiento y la comparación estructural de las enzimas.
Khandokar YB, Srivastava P, Cowieson N, Sarker S, Aragão D, …, Forwood JK
J Biol Chem (2017) · PubMed · citado 13 veces
Una tioesterasa TE6 de Neisseria meningitidis forma un hexámero con seis moléculas de GDP unidas, lo que revela una forma de regulación de esta familia de enzimas basada en nucleótidos.
Mi parte: toma y procesamiento de datos, resolución de la estructura, refinamiento y análisis.
Blaza JN, Bridges HR, Aragão D, Dunn EA, Heikal A, Cook GM, Nakatani Y, Hirst J
Sci Rep (2017) · PubMed · citado 80 veces
La cinética, la mutagénesis y las estructuras muestran que la NDH-2 trata sus dos sustratos de forma independiente en sitios separados, así que la reacción puede seguir un mecanismo ping-pong o uno ternario. Esto concilia datos anteriores contradictorios sobre esta diana antimicrobiana.
Mi parte: toma de datos de decenas de cristales con un haz de microfoco para escoger las mejores cuñas que combinar, y después procesamiento, resolución de la estructura, refinamiento y la discusión del mecanismo.
5KMP5KMQ5KMR5KMS
2016
Khandokar YB, Srivastava P, Sarker S, Swarbrick CMD, Aragão D, Cowieson N, Forwood JK
J Biol Chem (2016) · PubMed · citado 8 veces
La tioesterasa PaaI de Streptococcus pneumoniae es un tetrámero de dominios «hotdog» dobles que puede hidrolizar tanto el fenilacetil-CoA como los acil-CoA de ácidos grasos de cadena media, y une el CoA mediante un mecanismo de ajuste inducido.
Mi parte: toma y procesamiento de datos, resolución de la estructura, refinamiento, y ayudar a proponer el mecanismo.
Chaston JJ, Smits C, Aragão D, Wong AS, Ahsan B, …, Stewart AG
Structure (2016) · PubMed · citado 33 veces
Las arqueas Sulfolobales combinan tres subunidades de chaperonina en complejos distintos para condiciones de frío, normales y de estrés por calor. La cristalografía y la microscopía electrónica muestran su geometría, incluida una nueva disposición de las subunidades.
Mi parte: aportaciones al diseño experimental, toma y procesamiento de datos, resolución de la estructura, refinamiento y análisis.
Sarker S, Terrón MC, Khandokar Y, Aragão D, Hardy JM, …, Forwood JK
Nat Commun (2016) · PubMed · citado 79 veces
Las estructuras de la proteína de la cápside del virus de la enfermedad del pico y las plumas, uno de los virus animales más sencillos, muestran cómo el ADN de cadena sencilla regula su ensamblaje y cómo los ensamblajes cambian la exposición de su brazo de unión al ADN y de direccionamiento al núcleo.
Mi parte: toma de datos con un haz de microfoco y oscilaciones muy finas para lidiar con las enormes celdas unidad, procesamiento, resolución de la estructura y refinamiento, e ideas para los experimentos de carga de ADN.
En los medios: Cosmos (con mi imagen de la cápside), ANSTO, Charles Sturt University, Australian Geographic y SBS News.
5J095J365J37
2015
Cowieson NP, Aragão D, Clift M, Ericsson DJ, Gee C, …, Caradoc-Davies T
J Synchrotron Radiat (2015) · Métodos / instrumentación · PubMed · citado 469 veces
El diseño, la estación experimental y los resultados científicos destacados de MX1, la línea de cristalografía de imán de curvatura del Australian Synchrotron que da servicio tanto a cristalógrafos químicos como de macromoléculas.
Mi parte: escribí el artículo junto con Nathan Cowieson y participé en la mayoría de las mejoras que describe.
Li D, Stansfeld PJ, Sansom MSP, Keogh A, Vogeley L, …, Aragão D, …, Caffrey M
Nat Commun (2015) · PubMed · citado 43 veces
La diacilglicerol quinasa atrapada a la vez con su sustrato lipídico y con un análogo de ATP, con el fosfato colocado para la transferencia. Esto llevó a proponer un mecanismo catalítico y aportó pruebas de que el sitio activo surgió por evolución convergente.
Mi parte: propuse usar un análogo de ATP no hidrolizable para atrapar la enzima a mitad de su reacción, y metales para ayudar a que se uniera el ligando; trabajé en el análisis y el refinamiento de varias de las estructuras y en el manuscrito.
En los medios: Phys.org y Trinity College Dublin.
4UXW
2013
Li D, Lyons JA, Pye VE, Vogeley L, Aragão D, …, Caffrey M
Nature (2013) · PubMed · citado 95 veces
Las estructuras cristalinas de tres formas funcionales de la diacilglicerol quinasa, una enzima de membrana de 121 residuos estudiada durante medio siglo, muestran un trímero con sitios activos compartidos y contradicen el intercambio de dominios propuesto por un modelo anterior de RMN.
Mi parte: cristalógrafo principal, desde la toma y el procesamiento de los datos hasta la resolución de la estructura por faseado experimental, el refinamiento y el análisis del mecanismo.
En los medios: GM/CA en la Advanced Photon Source.
3ZE33ZE43ZE5
2012
Li D, Boland C, Aragão D, Walsh K, Caffrey M
J Vis Exp (2012) · Métodos / instrumentación · PubMed · citado 44 veces
Un protocolo en vídeo para pescar y crioenfriar los cristales pequeños y frágiles que crecen en mesofases lipídicas pegajosas, uno de los cuellos de botella prácticos del método in meso para proteínas de membrana.
Lyons JA, Aragão D, Slattery O, Pisliakov AV, Soulimane T, Caffrey M
Nature (2012) · PubMed · citado 126 veces
La estructura a 2,36 Å de la oxidasa caa3 de Thermus thermophilus, que lleva su propio dominio de citocromo c, muestra cómo está construido el complejo de transferencia de electrones entre el citocromo c y la oxidasa, y reveló una nueva subunidad de membrana y un lípido nativo unido.
En los medios: Phys.org y Silicon Republic.
2YEV
2011
Stepanov S, Hilgart M, Yoder DW, Makarov O, Becker M, …, Aragão D, …, Fischetti RF
J Appl Crystallogr (2011) · Métodos / instrumentación · PubMed · citado 17 veces
Nuevas herramientas de fluorescencia de rayos X en las líneas GM/CA de la Advanced Photon Source: barridos de energía rápidos sobre la marcha, barridos de fluorescencia para encontrar cristales pequeños o invisibles, y optimización automática de la señal para reducir el daño por radiación.
Höfer N, Aragão D, Lyons JA, Caffrey M
Cryst Growth Des (2011) · PubMed · citado 33 veces
Estudia cómo la elección del lípido de la mesofase lipídica afecta a la cristalización y la estructura del antibiótico formador de poros gramicidina, y si el entorno de membrana puede favorecer una de sus conformaciones.
2Y5M2Y6N
Pye VE, Aragão D, Lyons JA, Caffrey M
Cryst Growth Des (2011) · Otros · citado 3 veces
Un resumen de la 13.ª Conferencia Internacional sobre la Cristalización de Macromoléculas Biológicas (ICCBM13), que presenta el número especial que reunió los trabajos presentados en el congreso.
Rosenbaum DM, Zhang C, Lyons JA, Holl R, Aragão D, …, Kobilka BK
Nature (2011) · PubMed · citado 784 veces
Un agonista diseñado para unirse covalentemente al receptor β2-adrenérgico permitió cristalizar un receptor con agonista unido en la fase cúbica lipídica, y dio una imagen de cómo se unen los agonistas y empiezan a activar este receptor acoplado a proteínas G.
En los medios: FCT NOVA e ITQB NOVA (2012). La conferencia Nobel de Brian Kobilka.
3PDS
Höfer N, Aragão D, Caffrey M
Biophys J (meeting abstract) (2011) · Otros · citado 2 veces
Resumen de congreso sobre el uso de la fase cúbica lipídica como imitación de la membrana celular, a partir del trabajo de cristalización in meso de péptidos transmembrana.
2008
Frazão C, Aragão D, Coelho R, Leal SS, Gomes CM, Teixeira M, Carrondo MA
FEBS Lett (2008) · PubMed · citado 11 veces
Una estructura a 2,0 Å de la ferredoxina nativa de la arquea Acidianus ambivalens, con su sitio de zinc y sus dos clústeres de hierro y azufre ([3Fe-4S] y [4Fe-4S]) intactos, a diferencia de la estructura anterior, convertida artificialmente, de una especie emparentada.
Mi parte: obtuve los cristales en el ITQB hacia el año 2000, mucho antes del artículo.
2VKR
Aragão D, Mitchell EP, Frazão CF, Carrondo MA, Lindley PF
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2008) · PubMed · citado 30 veces
La proteína de clúster híbrido de D. vulgaris, purificada y cristalizada sin oxígeno y resuelta por MAD en el borde de absorción del hierro (1,35 Å). Su parecido con las monóxido de carbono deshidrogenasas ayuda a explicar el clúster híbrido y predice una estructura dimérica para las proteínas de clase 3.
Este artículo salió en la portada del número de junio de 2008 de Acta Crystallographica D.
1W9M
2007
Tesis doctoral
Structure to function studies in hybrid cluster proteins and glucose-1-phosphate uridylyltransferases
PhD thesis in Biochemistry, Instituto de Tecnologia Química e Biológica (ITQB), Universidade Nova de Lisboa, with the ESRF, Grenoble. Supervisors: Carlos Frazão (ITQB) and Edward Mitchell (ESRF). Final exam 9 October 2007. ISBN 978-989-20-0807-3. Funded by FCT scholarship SFRH/BD/6480/2001
Estructuras cristalinas de dos familias de proteínas muy distintas. Las proteínas de clúster híbrido de Desulfovibrio llevan un clúster poco común de hierro, azufre y oxígeno, y las estructuras ayudan a explicar cómo se forma y qué podría hacer. La glucosa-1-fosfato uridililtransferasa (UgpG) de Sphingomonas elodea fabrica una pieza de azúcar para la goma gelano. El trabajo se repartió entre el ITQB NOVA, en Oeiras, y el ESRF, en Grenoble. (Lista de tesis doctorales del ITQB, copia archivada)
Tesis (PDF, 7 MB)
Aragão D, Fialho AM, Marques AR, Mitchell EP, Sá-Correia I, Frazão C
J Bacteriol (2007) · PubMed · citado 33 veces
La estructura de la UgpG de S. elodea, una enzima clave en la fabricación del espesante alimentario goma gelano, revela una estructura cuaternaria nunca vista en su familia de enzimas, aunque cada subunidad se parece mucho a las timidililtransferasas emparentadas.
2UX8
2003
Aragão D, Macedo S, Mitchell EP, Romão CV, Liu MY, …, Lindley P
J Biol Inorg Chem (2003) · PubMed · citado 47 veces
Estructuras de alta resolución de la proteína de clúster híbrido de dos especies de Desulfovibrio, resueltas tras su reducción (1,25 y 1,55 Å). El plegamiento de la proteína no cambia, pero los átomos de hierro y azufre del clúster híbrido se mueven, lo que da pistas sobre cómo funcionan estas proteínas.
Una figura de este artículo fue elegida para la portada de 2003 del Journal of Biological Inorganic Chemistry.
1OA01OA1
Aragão D, Frazão C, Sieker L, Sheldrick GM, LeGall J, Carrondo MA
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2003) · PubMed · citado 25 veces
El citocromo c3 dimérico de Desulfovibrio gigas, refinado a 1,2 Å. Compararlo con todos los dominios de citocromo c3 conocidos reveló regiones conservadas a pesar de secuencias muy distintas, y una molécula de agua enterrada que probablemente lleva electrones entre dos de los hemos.
1GYO
Macedo S, Aragão D, Mitchell EP, Lindley P
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2003) · PubMed · citado 13 veces
Conocer las formas totalmente oxidada y totalmente reducida permitió resolver una estructura a 1,25 Å de la proteína de clúster híbrido con moléculas en los dos estados, y aclarar cómo se mueven los átomos de hierro y de persulfuro del clúster al reducirse.
1UPX
1999
Fonseca A, Gouveia C, Fernandes JP, Câmara AS, Pinheiro A, Aragão D, Silva JP, Sousa MI
In: Câmara AS, Raper J (eds), Spatial Multimedia and Virtual Reality, pp. 71–88. Taylor & Francis, London (1999; reissued by CRC Press, 2021) (1999) · Otros
Un capítulo de libro sobre el CD-ROM multimedia que el GASA, el grupo de sistemas ambientales de la FCT NOVA, hizo para la Expo 98 de Lisboa, y que permitía explorar información ambiental sobre Portugal. Mi parte, como estudiante de licenciatura, fue introducir buena parte de los datos que había detrás.
