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La ferredoxina con zinc de Acidianus ambivalens

Una pequeña proteína de una arquea de fuentes termales con siete átomos de hierro en dos clústeres, más un zinc, todo intacto.

La ferredoxina (pálida) con sus clústeres [3Fe-4S] y [4Fe-4S] (hierro en marrón, azufre en amarillo) sujetos por cisteínas (naranja), y su zinc (gris) sujeto por tres histidinas y un aspartato (ciruela).

Las ferredoxinas son proteínas pequeñas que transportan electrones por la célula. Esta viene de Acidianus ambivalens, una arquea que vive en fuentes volcánicas calientes y ácidas. Lleva siete átomos de hierro en dos clústeres de hierro y azufre, uno [3Fe-4S] y otro [4Fe-4S], y además une un zinc. Una estructura anterior de una ferredoxina emparentada tenía los clústeres convertidos artificialmente; aquí los dos clústeres y el sitio del zinc están intactos, tal como los fabrica el organismo, a 2,0 Å de resolución (artículo).

También es una de las primeras proteínas que cristalicé. Obtuve los cristales en el ITQB hacia el año 2000, entre mi proyecto de fin de carrera y el doctorado. Difractaban a 2,0 Å pero estaban maclados, cada uno con una fracción de maclado distinta, así que la estructura tardó mucho en resolverse y refinarse. Al final la bioquímica se puso al día, era importante publicar la estructura, y salió en 2008.

Entrada PDB
2VKR en PDBe (también en RCSB PDB)
Liberada
2008-03-04
Resolución
2.01 Å
Artículo
Crystallographic analysis of the intact metal centres [3Fe-4S](1+/0) and [4Fe-4S](2+/1+) in a Zn(2+) -containing ferredoxin. (FEBS Lett., 2008)
Más
Detalles técnicos, enlaces y densidad electrónica

Imágenes y vídeo renderizados con UCSF ChimeraX; la vista en 3D es PDBe Mol*.

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