La ferrédoxine à zinc d'Acidianus ambivalens

Une petite protéine d'une archée des sources chaudes, avec sept atomes de fer en deux clusters, plus un zinc, le tout intact.

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Les ferrédoxines sont de petites protéines qui transportent les électrons dans la cellule. Celle-ci vient d’Acidianus ambivalens, une archée qui vit dans des sources volcaniques chaudes et acides. Elle porte sept atomes de fer répartis en deux clusters fer–soufre, un [3Fe-4S] et un [4Fe-4S], et elle fixe aussi un zinc. Une structure antérieure d’une ferrédoxine apparentée avait des clusters convertis artificiellement ; ici, les deux clusters et le site du zinc sont intacts, tels que l’organisme les fabrique, à 2,0 Å de résolution (article).

C’est aussi l’une des premières protéines que j’ai cristallisées. J’ai fait pousser les cristaux à l’ITQB vers 2000, entre mon projet de fin d’études et ma thèse. Ils diffractaient à 2,0 Å mais étaient maclés, chacun avec une fraction de maclage différente, si bien que la structure a mis longtemps à être résolue et affinée. Au bout du compte, la biochimie a rattrapé son retard, il était important de publier la structure, et elle est sortie en 2008.